Органы дыхания. В области дыхательных путей большого сечения развивается кашель, активизируется выделение мокроты. Малые дыхательные пути из-за воспаления сужаются. В легких курильщиков можно обнаружить повышенное содержание воспаленных клеток. Приступы астмы возникают чаще, приобретая более тяжелую форму. Возникает склонность к рецидивам респираторных заболеваний. 
Онкологические заболевания. Исследования доказывают, что сигаретный дым содержит канцерогены, которые действуют как стимуляторы роста опухолей. Курение называют основной причиной возникновения злокачественных новообразований губ, полости рта и глотки, гортани, пищевода, трахеи, бронхов, легких. Курение в сочетании с алкоголем увеличивает риск возникновения рака пищевода и желудка. Выявлена высокая степень связи между раком мочевого пузыря и курением, еще существуют данные о связи курения и рака молочной железы. 
Прочие клинические последствия. Среди курильщиков чаще встречается язва желудка и двенадцатиперстной кишки. Подверженность табачному дыму влияет на качество кожи, у курильщиков раньше и более выражено появляются морщины, особенно вокруг глаз и рта. К негативным последствиям курения также относят неприятный вкус во рту утром, желтые зубы, неприятный запах изо рта и от волос. Курение является частой причиной пожаров, а окурки сильно загрязняют помещения и улицы. По данным исследований, курение усиливает алкогольное опьянение в полтора-два раза. Если человек выкуривает в день 1-9 сигарет, то в среднем он сокращает свою жизнь на 4,6 года по сравнению с некурящими людьми, если курить 10-19 сигарет, то жизнь сократится на 5,5 лет, если выкуривать 20-39 сигарет – на 6,2 года.